ざっと確認した感じの内部処理の変更点
まともに解析もしてないしできないし独り言みたいなもので
いい加減な調査しかしてないから間違ってる可能性もあり(厚い予防線)
他にも色々ありまとめてくれている他所様のＨＰがあるが、自分で気になった範囲だけ。

追記
　～攻略本の入手～
　攻略本を入手したことでさまざまな情報が入ってきた、違うところとか色々追加。
　
・技威力が０の場合、命中依存の乱数ダメージも発生しなくなった
　WS版には状態異常にダメージが付随する攻撃が存在するために、
　ほとんどの状態異常には技威力が設定されていて(技威力が１以上なら)ダメージが発生する。
　その処理の中でダメージがない純状態異常を表現するためだろうか。
　(これらは　ダメージ＋状態異常　ではなく　状態異常＋ダメージ　の話)

・自軍城補正が(城レベル－１)に変更され、敵軍城補正がなくなった
　異常に硬いガーコイルを相手にしなくて済み、かなり自軍有利となっている。

・壁衝突ダメージが違う
　SFCは4固定だったが2が出る、条件は調査していない、ぶつかる勢い？

・白兵戦の連打ゲージ消費の効果変更
　SFC版では次の前進速度の加速度UPだったが、WSC版では純粋にブレーキングになっている。

・卵補正の一部消失
　季節系の卵補正持ちのキャラから季節補正が失われて固定値になった。

・ダーク補正がなくなった
　マスク処理でわかりにくいし微妙だしいらないよね。
　相対的にバールやマッスルage、フロストベビーやアマゾンsage。

・状態異常時必中がなくなった
　どうもWS版の状態異常はイマイチに感じる、と思いきや

・ボスにも状態異常がかかりやすい
　エグモンと区別がないんじゃないかってぐらいかかる、アマゾンでハメ殺せることも。
　ボスに効きやすいのはかなり自軍有利で有用性が爆発的に高まる。
　上技に4回攻撃＋泣きのまついさんふさいが尋常じゃなく強い。

・状態異常回復時のステータス減少がなくなった
　WS版は状態異常解除も早いし、調整の結果というか。

・状態異常が効果時間変更？解除システム変更？
　状態異常の有用性が薄まっているが、ボスによるハメ殺しが多く不評だったし調整の結果か。

・能力上昇技の相対ステータスの半減がなくなった
　ただでさえ死に技になっているものも多かったので妥当。
　ただし相手への攻撃力倍増技はSFC同様命中半減効果がある(エスプレッソとわるぐち)

・対将軍への自爆技が将軍兵士全員に自身の残りＨＰ分のダメージを与えるに変更
　SFC版は残りHP量に関わらず将軍兵士全滅でした、WS版のが妥当かな。

・即死命中変更？
　当てにならない体感だが、使用者のHPが高くてもSFCより当たりやすくなっている気がする。

・ボスへの自爆技
　SFC版では最大HPの1/8ダメージを与えるものだったが、WSC版では半減技と同じ現在HPの1/8ダメージになっている。
　ボス将軍への自爆技はSFC同様無効だがお供の兵士に関してはSFCでは兵士全滅だったが、
　WSC版では「ボス将軍」の現在HPの1/8を兵士全員に与えるへ変更されている。

・ボスへの即死効果
　SFC版では超低確率で当たるようだが、WSC版では無効と攻略本にある…実際どうなのかは不明。
　確認できるSFC版からの変更点はボス将軍お供の兵士への即死はSFCでは有効であったが、
　WSC版では兵士にも無効になっている点。

・ボス将軍への半減技
　将軍にはSFC同様現在HPの1/8ダメージ。
　SFC版ではボス将軍お供の兵士には現在HPの1/2だったが、WSC版ではボス将軍お供兵士への半減技も1/8に変更されている。

・HPが1残る処理
　現在ＨＰ＋９までのダメージを現在ＨＰ－１に変換するようになった？
　SFCに比べて許容範囲が狭まった様子。

・HPが1残る処理～全体攻撃～
　将軍が全体攻撃を食らったときに、将軍の残ＨＰが１０以上の場合
　致死量のダメージを受けても１残る。SFCではなかった新規処理と思われる。

・得意地形効果が将軍の戦闘＋１に変更
　SFCと違い城攻め守りでもちゃんと効果を発揮。
　戦闘力が前進速度に影響しているのは間違いないが、
　SFCみたく得意地形で直接速度上昇させているのかは不明。

・月イチイベントの「トレード」の発生条件である累計経過月数の制約がない
　裏切りの方にはある気がする、特に問題はないはず。

・月イチイベントのグループ分け変更
　農民お祓い→凶作　あたし→美女が発生するなど一部グループ分けが変更されている？
　そもそも発生メカニズムが変更されている可能性もあるが。

・四季王季節弱体がなくなった
　そんなばかな、でも防御はおろかステータスは何も下がっていない。
　退却やら月経過での回復が止まるわけでもない。
　夏と冬、春と秋の対を利用しろとかいってた大臣さま教えてください。
　→攻略本では命中が下がると表記されている…が、ステータスはやはり変化していない。
　　特殊な処理で命中判定に何か細工をしているのかどうか、不明だがとりあえずこれ以上はわからない。

・ボス回復タイミング
　月経過でも退却時と同値回復する、回復量はSFCと同じじゃないの多分。
　→ボス将軍の回復量が全回復に変更されている、それ以外は同じ。

・ボス卵の仕組み変更
　SFCでは独自のルーチンで組まれていたが、WSC版では1回目と4回目(Dエッグマン)が固定、
　2回目3回目はSFC版の出現エグモンの各一定範囲からランダムになっている。
　例：生命体は1回目ハデス 2回目ハデデス～ヒュドラ 3回目ウッドボール～マミー 4回目ダークエッグマン

・クーモンスーモンの硬化がなくなった
　難易度上昇に大きく関わるから修正されたのだろうか、
　確かに面倒な部分ではあるが面白いギミックだとは思うんだけどねぇ。
　切り札で戦うクーモンと違いエグモンで戦うスーモンに影響大。
　ハイパー分岐はSFCと微妙に違い反映エグモンに6回以上くうもん！を使うこと(回避しても反映される上、同一種類でも可になった)

・一部切り札の効果消失
　マグネガキンの攻撃力半減やドデカヘーの防御力半減効果がなくなっている。
　というかこれに限らず根本的に、ステが上下するマスク処理がほとんど消えている気がする。
　SFC版のクーモン対策が通用しない強敵と思いきや↓

・くうもん！の即死効果の消失
　将軍一人に対して使われても即死にならず全体攻撃ダメージ(＝攻撃力分の15ダメージ)。
　新規追加の将軍食いしばり処理も含めれば将軍のHPが25以上あれば考えなしで切り札3枚使える。
　とはいえそもそも切り札の状態異常もSFCと違って効きやすいし、ハリケーンを積めば余裕か？

・大臣のへそくり
　ちゃんと300Gもらえるように直されている。

・スプリミョーネ
　こっそりスプリミリョーネになおってる。

○卵関係
　→卵補正が変わったキャラ、卵の季節補正持ちが全て変わっている。
　　アルファルファ	春+1 → +0
　　タルタル		夏+1 → +1
　　ユイートル		春-1 → -1
　　フェットチーネ	夏+1 → +1
　　ブリー		春-1 → +0
　　マルガリータ	夏-1 → -1
　　ジン		秋-1 → +0

　→いっぱつエッグへの補正処理がSFCと変わっている。
　　SFC版では通常の卵補正がそのままいっぱつエッグにかかっていたが、
　　WSC版では全将軍個別に補正が設定されている…と言っても極一部を除いて通常の卵補正と同じだが。
　　上記季節補正などの変更が適用されたキャラ以外には、「ヴィーナス」と「ココット」のみがいっぱつエッグで+0となっている。
　　(クイーンとプリンスもいっぱつ補正が+3になっているが実ゲームでは関係ないか)

　→いっぱつエッグの下限変更
　　下位エグモンが追加された関係で変更されている。半熟Lv0で補正マイナスであっても、各卵の下から13番目が最低保障となっており
　　13番目はそれぞれ「ローラーキラー」「エクスカリバー「プチデビル」「バルーンフィンチ」になっている。
　　下限に関してはSFC版より若干強いエグモンが出るようだ。
　　出現リストやエグモンの段階は↓
　　
　　→→→→こちら←←←←。


　→エラベルエッグ補正が違う
　　これまたエラベルエッグにも主人公・フリオニール・それ以外のテーブルが設定されている。
　　半熟Lvに依存し4種類4段階の中から選ばれることになるのは同じ。
　　しかし高補正の将軍がエラベルに変化してもSFCのように強いエグモンは出せなくなっている。
　　SFC的に考えると主人公は補正+0、フリオニールは+1でそれ以外は+0.5といったところか。
　　基本的に出せるエグモンがSFCより強く、主人公は半熟Lv0でメデューサが出せたりする。

　　主人公
　　　Lv0回数4で16～19番目のエグモンが出現、Lv2毎に1段階上昇
　　フリオニール
　　　Lv0回数4で17～20番目のエグモンが出現、Lv2毎に1段階上昇
　　それ以外
　　　Lv0回数4で16～19番目、Lv1回数4で17～20番目のエグモンが出現、以降Lv2毎に1段階上昇

　　ここから卵の使用回数±1で±3段階される。

　→エラベルの上限
　　SFC同様半熟Lvが上昇していっても回数4の23,24,25,26　回数5で26,27,28,01が上限となっている。
　　回数4で最上級を出したり、回数5で27,28,01,02とはならない。

　→卵変化処理
　　詳しく調べていない、かどまつやベビーは不明、追記未定。
　　卵が腐る条件は退却回数が一定以上(低回数でも低確率で腐るか不明)から腐りはじめる。
　　退却回数は戦闘勝利で-1され、腐った場合は退却回数が01にリセットされる。

　→卵使用判定周りが違う
　　細かい部分は解析出来ないが、かなりランダム性が高まっている。
　　卵思考タイプは将軍データの中にSFCと、同値が設定されているが恐らく使われていない。
　　(もっと別の場所で設定されてる可能性は0でないが)
　　卵使用は白兵でも対エグモン使用でも現在話数を見ており、話数が進むほど使いやすくなる…と思う。
　　HP関係の話数+Xやら4の倍数使用は消えている、というか使用判定には現在HPを見ていない。
　　白兵での使用は前面でぶつかったときか前進開始時、
　　ダメージを受けたかどうかは無関係で恐らく有利不利位置も関係ない。
　　使用には乱数が関わるので使わずに死ぬときもあれば、最初のぶつかりで使うこともある。
　　切り札51以上で即使用は「まねっこ」持ちかどうか、SFCでの使用思考タイプでもまねっこなら即使用はしない。
　　まねっこ持ちがカウンター使用する確率は他と同じぐらい？

　　・敵が卵即使用する切り札番号の緩和
　　　チャブダイン00ファバード31としてSFCでは48以上の場合に即使用だったが
　　　WSC版では51以上で即使用となり3ほど猶予が生まれた。

○一部エグモンの技威力が変更
　下位エグモンは大きく調整されているが、中位以上は微調整程度。
　全体的に敵に出されて辛いのが少し落とされている感じだが
　それなら1話でダークエルフだして初心者殺しするのやめーや、
　と遥かなる故郷に思いを馳せる吉宗であった。

技威力【対将軍：対エグモン】

ミニマムマン(旧：コロボックル)
　※もう戦力０とは言わせない
　たたかう		無意味   →  【3:3】
　あいさつ		【2:2】  →  【0:0】

ワラワラ
　※パンチが強化キックが弱体、使い分ける理由もない…どうしてこんなことに…
　９９かいパンチ　	【15:4】 →  【15:15】
　９９かいキック　	【4:15】 →  【4:4】

ゴースト(旧：ムンク)
　※エグモンの名前変更と共に若干優秀な攻撃力へ進化
　しっぽビンタ		【3:3】  →  【5:6】

メイジュース
　※変更する意味すら問われるほどの微調整
　かるくずつき		【5:6】  →  【5:5】

プチデビル
　※微弱体、対エグモン性能を落とされる。
　とびげり		【6:9】  →  【6:7】

デビルウーマン
　※微強化、っても将軍威力が上がってもなぁ
　モーニングスター	【10:12】→  【11:12】

コマイヌ
　※序盤の敵で出たときに若干弱く、まあ味方でも出るけど。こいつよりダークエルフどうにかして
　かみつく		【5:7】  →  【4:5】 

コロコロムシ
　※攻撃性能は相当落ちているが、糸を出すでエグモン相手にどうにかなったりならなかったり
　せなかにはりつく	【4:5】  →  【0:0】
　いとをだす		状態異常 →   状態異常 ＋ 【0:2】

コーヒービート
　※これまた微妙な調整
　マラカスビート　	【5:6】  →  【5:7】

レッドドラゴン
　※どっちにしろ将軍相手じゃオーバーキル
　マグマふんしゃ　	【10:11】→  【11:11】

○技性能の変化
→全体攻撃全般が将軍相手でもミスすることがある、命中率はやはりこちらの命中と相手速さに依存している感じ

→コロコロムシの「いとをだす」が純状態異常技から状態異常＋単発攻撃に変更
　(単発攻撃に追加状態異常がつくのではなく、状態異常技にダメージが付随する)

→コロコロムシのせなかにはりつくの技威力が0:0になり実質無意味行動化

→ミニマムマン(旧コロボックル)のたたかうが無意味行動から技威力3:3の単発攻撃に変更

→ムシャムシャくう
　対将軍の即死効果と乱数の消失、攻撃力×７＋１の固定ダメージになっている。

→へんなおどり
　敵のみ半減だったものが、全員半減に変更。かぼちゃも含めかなり弱体化。

→クジラアタック
　元は4回攻撃だったが、攻略本にあるとおり最大4回攻撃になっている。つまり1～4回攻撃。

→かぼちゃ
　両者の全ステータスを3にする。攻略本では4以上を3にするとあるが1でも3にする。
　直後のステータス回復処理があるので同じことではあるが。
　なんとボスにも効果が出るように。

→ふくらむ
　攻略本では4以上を3にするとある…が、ステータスに変動がない。
　純粋にデメリット消失か？

→いかる
　グランドパパのいかる、SFC版では最大HPの1/4未満が条件だったが(541/4=135未満…つまり134から)
　ＷＳＣ版攻略本にあるようにHP130以下が条件となっている。

→くうもん！
　上でも書いたが将軍単体へ使用した時の即死効果が消失。

→シルバーオーラ
　エグモン相手でも回復効果に変更、将軍への卵使用回数回復効果は消失。
　攻略本ではエグモン相手に効果なしと書いてあるがエグモンも回復してくれる。

→エクトプラズム
　SFC版での回数が異常な値になるバグは発生しない。
　HP1化と姿変更以外に卵のランダム変化と使用回数は４回まで回復する(いっぱつなどは１回)

→オーバーボイルド
　ボイルドの5以上の全ステータスを半減して＋２する(端数切り上げ)、ただし15の場合は9になる。
　単純な半減ではない上にさらにターン終了時にステータス低下の回復処理で＋２回復するので、
　肝心の防御が落ちにくいためSFC版ほど弱体効果はない。

○食神ボイルド
　ハイパーなあの人をちょっと調査

　・WSで新たに追加されたボイルド様のお気に召さないエグモン達。
　　カウントもされないし反映もされない。他の消化されない連中はSFC版のページを参考。

　　ミニマムマン　　　…　弱すぎるから？コロコロムシはセーフなのに…
　　ランプキン　　　　…　かぼちゃのせい…ではなくへんなおどりが両者に変更されたためかと
　　ウゴカザル　　　　…　元からエッグマンと同義だし仕方ない
　　はぐれたこ焼き　　…　おいしそうだが自傷攻撃持ちなので
　　ポピンコ　　　　　…　たこ焼き同様自傷攻撃持ち
　　チキチキムーチョ　…　なぜ？HP20回復がお気に召さなかったのか？
　　かみ　　　　　　　…　新規追加では唯一の自爆持ち

　・同じ種類も食べた回数にカウントされる
　　コロコロムシを６回食べさせて至上最弱のラスボスを拝もう。
　　食べた回数はカウントされるが、同じやつを多く食べさせても技の選ばれやすさは全て均等っぽい。

　・反映数は可能な限り全て
　　SFCと違い最大8種類の上限がなく、反映されるエグモンが食べられたなら全て反映される。
　　俺の胃袋は宇宙だ！

　・くうもん！が外れても反映される
　　ミスっても回数も種類も反映される、理屈不明。
　　なんかオーラっぽいのを食べているのかもしれない。
　　コロコロムシにくうもん！が６回連続で外れる豪運で至上最弱のラスボスが誕生。

○バグ
　SFCであった誤字脱字やバグは修正されているが、新しいバグ挙動も存在する。
　4話の四季王の配置時の現在HPが
　サマカンテはウイナッツォ　フォーリシアはサマカンテ　ウイナッツォはフォーリシアの最大HPになっている。
　このため4話を開始して月を経過させずにこれらの四季王と戦うと若干有利になったり不利になったりする。
　フォーリシア以外は微々たるものだがありがたい話、しかしフォーリシアに限っては614と高い数値になって非常に困る。
　この場合は月を経過させるかもしくは一旦退却すれば回復処理によって通常の最大HPを超えていた場合は元の最大HPまで戻ってくれる。

○攻略本のちょっと突っ込みどころ
　・カメレオンマン
　　とけこむぞーがそのターンのみ有効と記述されているが、これはカメレオンマンの早さが1であるため
　　直後の復元処理で元に戻るという意味で書かれていると推測される。
　　城補正で速さが上がっていれば別にそのターン限定という話にはならない。
　
　・リップナイト
　　じょうねつのキスがボス相手はリップナイトのHPの1/8ぶんダメージとあるがそんなことはない、
　　他の半減技と同じである。単なる誤表記か。

　・切り札番号(レベル)
　　切り札レベルの合計が51以上の場合敵が卵即使用する、とあり切り札のレベルはチャブダインが01 ファバードが32になっているが、
　　これら切り札は全て-1した値で計算されている様子、恐らく元のSFC開発資料的にはイッテツーン01で51以上となっていたのだろうが
　　WSC版でも切り札番号を00から采番したためこのようなことになったと予想。

○没(お遊び)外伝タイトル
　ROM内の12話「ああ世界よ半熟なれ！」のサブタイの後に、没(お遊び？)の外伝タイトルが入っている。
　外伝１、２はSFCにも入っているのだがWS版はさらに2タイトル分追加されている。
　こういう細かいところに遊び心とこだわりが見えるような見えないような。

　がいでん１キャプテンあらいの　きけんなよくぼう
　がいでん２まちはもうあき……　おれたちのなつはおわった
　がいでん３まちはもうふゆ……　おれたちのあきはおわった
　がいでん４キャプテンうらの　　あぶないよくぼう

○エンディング
　えらいひとのありがたいおことば
　「ゲ－ムは　ぎじゅつじゃない　たましいだ！」